Efter Finlands erövring erhöll landet en autonom ställning och en fast centralstyrelse som saknats under den svenska tiden organiserades. Regerings Conseillen uti Storfurstendömet Finland grundades år 1809 genom Borgå lantdag och freden i Fredrikshamn. Enligt 1809 års reglemente anförtroddes Finlands allmänna styrelse åt regeringskonseljen.
Konseljen förberedde ärenden för kejsaren och verkställde besluten. Alla handlingar och beslut utfärdades i kejsarens namn. Ekonomiedepartementet handhade den civila styrelsen och den allmänna hushållningen medan justitiedepartementet tog hand om rättsskipningen. Regeringskonseljen var till naturen ett administrativt ämbetsverk, men fungerade även som kejsarens rådgivare. Generalguvernören var ordförande såväl i senaten som i dess båda departemet. I hans frånvaro leddes ordet av konseljens äldste ledamot. År 1822 tillsattes en viceordförande i vartdera departementet.
I början av år 1816 ändrades regeringskonseljens namn till Kejserlig Senat för Finland. Det nya namnet kom även med andra förändringar. Senaten blev därmed formellt jämställt med Ryska senaten, som inte längre kunde blanda sig i Finlands angelägenheter. Efter februarirevolutionen 1917 utelämnades attributet "kejserlig" och senaten bar därefter namnet Senaten för Finland. I slutet av 1918 efter det att Finland blivit självständigt, ändrades senatens namn till statsråd och justitiedepartementet blev Högsta domstolen.
Förändringar i senatens verksamhet och organisation var typiska under hela autonomins tid. Trots allt förblev senaten strukturellt relativt stabil. I slutet av 1860-talet förändrades det tjänstemannamässiga ledandet till ett mera liberalt system. Då blev det även förändringar i bestämmanderätten. År 1858 började senatens ledamöter kallas senatorer. År 1918 blev senatorerna ministrar.