Svenska rikets administration förnyades och effektiverades under Gustav Vasas tid (1523–1560). Reformen rörde främst beskattningen. Reformens syfte var att kronans centralförvaltning skulle bli hemmastadd i beskattningen i alla delar av landet och att övervakning av fogdarnas skatteuppbörd och användning av skatterna skulle bli enklare. Därmed tog man i Svenska riket i slutet av 1530-talet i bruk ett bokföringssystem enligt tyskt mönster. Skattereformerna togs först i bruk i de finska delarna av landet.
Det förnyade bokföringssystemet gick ut på att varje fögderi, grundenheten i lokalförvaltningen, lämnade sin egen redovisning. Fogdarna, som direkt lydde under kungen, skulle årligen resa till Stockholm med räkenskapshandlingarna och redovisa för skatteuppbörden och skatternas användning. Det var allmän praxis att de slutliga räkenskapshandlingarna utarbetades först i Stockholm på basis av den preliminära redovisningen samt på basis av inkomst- och utgiftsverifikat.
Fogdarnas räkenskaper granskades i Stockholm av Räkningekammaren (Kammarkollegiet), som skötte statsekonomin. Alla räkenskapshandlingar bevarades i Stockholm i Kammarkollegiets arkiv. Skatteförvaltningens bokföringssystem förblev i stort sätt oförändrad fram till 1620-talet. Då indelades landet i län. Denna länsindelning fastställdes officiellt år 1634.
Enligt fredsfördraget i Fredrikshamn skulle alla handlingar rörande Finland överlåtas till myndigheterna i Storfurstendömet Finland. Därmed överlämnades år 1810 en stor del av lokalförvaltningens räkenskapshandlingar till Finland. Dessutom kompletterades samlingen med en del handlingar år 1864. De till Finland överlämnade räkenskapshandlingarna från svenska tiden ordnades i två delar: i fogderäkenskaperna, dvs. den äldre räkenskapsserien (1537–1634), och i länsräkenskaperna (1635–1808).
Fogderäkenskaperna består av räkenskapshandlingar rörande Finland mellan åren 1537–1634. På 1800-talet ordnades dessa handlingar i kronologisk ordning, så att numren 1–483 består av räkenskaps- och andra handlingar av allmän art som rör hela landet eller flera landskap, medan numren 484–6807 består av handlingar rörande de olika länen och deras fögderier. Fogderäkenskaperna kallas ibland även för blå samling på grund av bindningens färg.
Fogderäkenskaperna innehåller fögderiernas årliga räkenskaper samt verifikat. Förutom kvitton och brevkopior finns bland verifikaten bl.a. jordeböcker, saköres-, tionde-, ödes-, kvarn-, boskaps- och utsädeslängder samt silverskattelängder från år 1571.
I samband med ordningsarbetet avskildes fogderäkenskapernas originalpergamentsomslag. Omslagen bestod främst av blad ur medeltida liturgiska böcker. De bevaras i Nationalbiblioteket. De gamla anteckningarna på omslagen har i allmänhet medtagits i förteckningarna över fogderäkenskaperna.
Fogderäkenskaperna är digitaliserade och mikrofilmade. Originalhandlingarna bevaras på Riksarkivets enhet på Fredsgatan (Fredsgatan 17). Dessa ges inte ut till forskare för att trygga bevarandet av handlingarna.
Fogderäkenskaperna är en central källa i forskning av den svenska tiden. De är den mest omfattande källhelheten rörande 1500-talets historia. Framförallt i forskning av samhälleliga fenomen är fogderäkenskaperna en viktig källa. Utan dem skulle det vara nästa omöjligt att forska i sociala och ekonomiska förhållanden. Fogderäkenskaperna är trots sin form rätt innehållsrika. Räkenskaperna är inte likadana, utan de skiljer sig från varandra beroende på skrivare. Fogdens personlighet kommer fram i handlingarna eftersom det inte fanns enhetliga regler gällande deras form och stil. Fogderäkenskaperna ger en mer omfattande historisk bild än vad själva namnet räkenskap låter förstå.
Forskare bör komma ihåg fogderäkenskapernas egentliga syfte, då de används som källa i forskning av samhälleliga fenomen. Fogderäkenskaperna är skatteregister och det är deras ursprungliga uppgift. De fungerade som bas för skatteuppbörden och som hjälpmedel i registrering av de skattskyldiga. Därmed syns inte fenomen som inte påverkade skatteuppbörden i fogderäkenskaperna. Man bör även observera att det var i skattebetalarens intresse att försöka få sin egendom att verka så liten som möjligt. Därmed bör siffrorna som berättar om skattebetalarnas egendom betraktas med förbehåll.
Fogdarna kunde dessutom sträva efter att göra sitt arbete så lätt som möjligt, varvid t.ex. de skatteskyldiga i jordeböckerna kunde från år till år förbli oförändrade. För kronan var inte informationen rörande förändringar i bosättningen heller så relevant, bara skatt betalades och hemmanet kunde identifieras.
Fogderäkenskapshandlingarna kan även användas som källa i forskning av tiden före dem. I början av 1500-talet grundade beskattningen på medeltida praxis. Principerna kunde på medeltiden förbli oförändrade i hundratals år. Därmed kan man i viss mån göra slutsatser rörande medeltida förhållanden på basis av fogderäkenskaperna. Källornas pålitlighet i denna fråga bör dock övervägas och de bör användas tillsammans med andra källor.
Räkenskaperna för fögderierna är ordnade enligt de historiska landskapen. Inom varje landskap är handlingarna ordnade kronologiskt. I praktiken baserar sig ordningen på 1500-talets slottslän. Inom de landskapsvis ordnade fogderäkenskaperna bildar varje fögderis årliga handlingar sin egen helhet. Dessutom innehåller arkivet handlingar för speciella inkomster för kronan och handlingar från särskilda gårdsfögderier.
Allmänna handlingar har dessutom avskilts till en egen arkivenhet. Den innehåller räkenskapshandlingar antingen över hela landet eller över flera landskap. Dessutom ingår sådana handlingar, som inte är egentliga fögderiräkenskaper (t.ex. tullräkenskaper och räkenskaper för hospital), i allmänna handlingar. Vissa gamla domböcker ingår även i arkivet allmänna handlingar.
Antalet fögderier varierade under 1500- och 1600-talen. Joh. Ax Almquists verk Den civila lokalförvaltiningen i Sverige 1523–1630 innehåller en utredning över fögderierna i detalj. Finland behandlas främst i verkets andra del.
Man kan bekanta sig med fogderäkenskaperna lättast via Riksarkivets e-tjänsten Astia. Som sökord i enkel sökning används "voudintilit" (fogderäkenskaper). Utav sökresultaten väljs "voudintilit". Sedan väljs det landskap man är intresserad av, t.ex. Varsinais-Suomen voutikuntien tilejä (Räkenskaper för fögderierna i Egentliga Finland). Här väljs Sarjat (serier) och sedan vidare "asiakirjat" (handlingar). Därefter får man framför sig landskapets handlingar i kronologisk ordning. Varje arkivenhet innehåller en länk till det digitaliserade materialet.
Översiktskatalog för Riksarkivet I och de svenskspråkiga arkivförteckningarna 101–109 på Riksarkivets enhet på Fredsgatan kan även vara till stor hjälp.
Fogderäkenskapernas uppbyggnad etablerades i mitten av 1500-talet och förblev likadan fram till 1600-talets början. Räkenskapernas uppbyggnad är förenklat sätt följande:
Räkenskaperna för extraskatter utarbetades enligt samma princip som den årliga skatten. Slott och konungsgårdars räkenskaper utarbetades dock enligt andra principer. Fogderäkenskapernas innehåll kan skilja sig från ovannämnda huvudprinciper, eftersom de officiella anvisningarna rörande räkenskapernas form gavs först på 1600-talet.
I räkenskaperna bifogades olika inkomst- och utgiftsverifikat. De är vanligen som egna band. I forskning av bosättning och samhällsställning är de viktigaste verifikaten jordeböckerna och tiondelängderna.
I jordeböckerna anges beskattningsgrunderna i detalj enligt skattebetalare. I praktiken betyder detta ett register över varje hemmans jordegendomar enligt brukare. Hemmanen är ordnade enligt socken och by. Inom samhällelig forskning är jordeböckerna de viktigaste utav fogdarnas verifikat. Frälsehemman saknas i dem fram till 1600-talet.
Jordeböckerna kunde delvis förbli oförändrade, då fogdarna för att underlätta sitt arbete ibland antecknade år för år samma husbonde utan att beakta de i praktiken skedda förändringarna. Då beskattningsgrunderna förnyades, förändrades vanligen även jordebokens uppgifter så att de stämde överens med verkligheten. Raimo Viikki har behandlat jordeböckerna och framförallt skillnaderna mellan jordeböckerna i olika landskap i sin artikelserie "Maakirjat sukututkimuksen lähteenä" (Sukuviesti 7–8, 10/ 1989 samt 1–3/1990).
Tiondelängderna är i likhet med jordeböckerna en skatteförteckning som uppgjordes över tiondena. De skiljer sig från jordeböcker genom att de även innehåller information om de betalda skatterna. Tiondelängderna innehåller uppgifter om jordbrukarnas årliga vinst enligt spannmålstionde. Förteckningarna är utarbetade utav prästerskapet. Då spannmålstiondet uppbars enligt den bärgade skörden, kunde uppgifterna inte kopieras direkt från tidigare förteckningar. Därmed motsvarar tiondelängden bättre verkligheten vad gäller hemmanens ägare än t.ex. jordeböckerna. Tiondelängderna berättar även om jordbruket genom bl.a. information om användandet av olika sädesslag.
I ödeslängderna antecknades ett hemman öde, ifall hemmanet inte förmådde utgöra alla eller en del av sina skatter. De gårdar, som betecknades öde, kunde därmed vara bebodda. Enbart genom att jämföra ödeslängderna med gårdar som enligt förändringar i beskattningsgrunderna raderats från jordeböckerna kan man dra slutsatser om verkliga ödesgårdar. Ödeslängder har bevarats från och med 1570-talet.
Silverskattelängderna från år 1571 innehåller information om skattebetalarnas fasta och lösa egendom. Förmögenhetsskatten uppbars för att lösa Älvsborgs fästning. Uppbördslängderna för denna skatt har befunnits återge synnerligen tillförlitligt och noggrant befolkningens förmögenhet. Många landskaps silverskattelängder finns tillgängliga som utgåvor.