Under autonomins tid var generalguvernören Finlands representant inför kejsaren. Han ägde formell rätt att föredra ärenden direkt för kejsaren i vissa frågor som rörde Finland. Denna rätt stadfästes officiellt 1826. Generalguvernören var senatens ordförande. I denna egenskap tog han emot kejsarens reskript och föreskrifter samt förmedlade senatens brev till kejsaren. I praktiken gjordes detta via generalguvernörskansliet. Generalguvernören ägde rätt att yttra sig om alla frågor som kejsaren avgjorde. Han var den högsta verkställande myndigheten i Finland. Kontakten mellan ryska och finska myndigheter skulle ske via generalguvernörskansliet. Dessutom tjänstgjorde generalguvernören som kommendör för de i Finland förelagda ryska trupperna fram till år 1905.
Generalguvernörskansliet fungerade som generalguvernörens civilkansli åren 1809–1918. Kansliet upplöstes i juni 1918. Benämningen Finlands generalguvernements kansli användes i Finlands Statskalender fram till 1880-talet, då namnet ändrades till generalguvernörskansliet. I kansliet rådde under hela verksamhetstiden en rysk administrativ praxis. Kansliets handlingar skrevs på ryska och kanslispråket var ryska. På grund av tjänstemännens bristande språkkunskaper var även franska och tyska i bruk i början av 1800-talet. Tjänstemännen var på 1800-talet i allmänhet finländare.
Under Finska kriget låg civilförvaltningen till en början i greve Buxhoevdens händer. Hans civilkansli blev den ledande byrån. Buxhoevden frånträdde sin tjänst i slutet av 1808. Samtidigt upplöstes civilkansliet. Ledningen av Finlands civilförvaltning upptogs av generalguvernören, som friherre Georg Magnus Sprengtporten utnämndes till. Han skötte Finlands centralförvaltning med hjälp av sitt civilkansli tills regeringskonseljen började sin verksamhet. Då Sprengtporten frånträdde sin tjänst år 1809 upplöstes inte hans civilkansli, utan det fortsatte sin verksamhet underlydande den nya generalguvernören. Generalguvernörskansliets verksamhet stabiliserades under generalguvernör Fabian Steinheils tjänstetid (1810–1823).
Generalguvernör Steinheil indelade generalguvernörskansliet i två avdelningar i mars 1810. Den första av dessa tog hand om kejsarens korrespondens med både regeringskonseljen (senare senaten) och generalguvernören. Den andra avdelningen ansvarade för generalguvernörens korrespondens med andra ämbetsverk i Storfurstendömet Finland samt övrig korrespondens. Kejsaren bekräftade den 12 mars 1812 en utgiftsstat för generalguvernörskansliet. Enligt den fanns det 11 tjänster i kansliet. Alla tjänster var inte alltid fyllda.
Då generalguvernör Zakrevski (1823–1831) flyttade till S: t Petersburg 1828 bildades ett särskilt kansli för generalguvernören, kansliet i S:t Petersburg. Det fortsatte sin verksamhet under Zakrevskis efterträdare Mensjikovs (1831–1855) period. Det egentliga generalguvernörskansliet i Helsingfors sköttes under denna period av en generalguvernörsadjoint. Handlingarna arkiverades i allmänhet i Helsingfors, men handlingarna från kansliet i S:t Petersburg under Mensjikovs tid förblev i huvudsak i Ryssland. Kansliet i S:t Petersburg existerade fram till år 1855 då Mensjikov frånträdde sin tjänst. Under hans tid, år 1841, godkändes en speciell arbetsordning, som fastslog uppgifterna för generalguvernörskansliets avdelningar.
Generalguvernörskansliet fick reglemente först år 1884. Enligt det skulle kansliet fungera som hjälp för generalguvernören i behandling av civila mål. Antalet tjänstemän ökade till 12 personer.
Under 1800-talet var generalguvernörskansliet ett typiskt, ryskt guvernementskansli. Det skilde sig från andra guvernementskanslier genom att ämbetsmännen var finländare och genom sina uppgifter som rörde Finlands autonomi.
Enligt en förordning från år 1891 var det möjligt att utnämna ryssar till tjänster i generalguvernörskansliet. Dessa skulle dock kunna både svenska och finska samt ha kunskap i finska lagar. De finländare som tjänstgjorde i kansliet skulle å sin sida behärska ryska fullständigt. Denna förordning möjliggjorde för sin del kansliets förryskning på 1900-talet.
Under Nikolaj Bobrikovs period (1898–1904) skedde stora förändringar i generalguvernörskansliets organisation. På hans initiativ utsågs från och med 1900 extraordinarie tjänsteman för att sköta specifika uppgifter. Dessa tjänster användes som orienteringstjänster för ryska tjänstemän i Finland, innan de stationerades annanstans inom den finska administrationen. Generalguvernörskansliets organisation förändrades i april 1903, då kansliet fick en ny utgiftsstat. Antalet tjänstemän så när som tredubblades.
Generalguvernörskansliets två avdelningar indelades i tre sektioner: sektionerna 1–3 hörde till avdelning I och sektionerna 4–6 till avdelning II. Den första sektionen ansvarade för den politiska kontrollen och beredningen av polisärenden, den andra sektionen för ärenden rörande skatte- och krigsväsendet samt behandling av olika årsberättelser, den tredje sektionen för ärenden rörande kansliets tjänstemän, den fjärde sektionen för ärenden rörande lagstiftning och ekonomi, den femte sektionen för judiciella ärenden och den sjätte sektionen för olika rutinärenden och kansliets ekonomi. Dessutom hade kansliet en sjunde specialsektion, som ansvarade för bl.a. gendarmrapporter. Organisationsförändringen ägde rum i samband med den nya utgiftsstaten, som fastställdes preliminärt för fem år. Statens giltighetstid utvidgades till slut fram till 1909 års slut.
Under årets sista dag 1909 inrättades en förordning som upphävde kansliets reglemente från 1884. Generalguvernören fick fritt ordna kansliets arbetsordning. Samtidigt fastställdes att alla ärenden i kansliet skulle behandlas enbart på ryska. De tidigare sektionerna ersattes med fyra avdelningar. Den första avdelningen skulle sköta verkställande och administrativa ärenden, den andra avdelningen ansvarade för ärenden rörande lagstiftning och finans, den tredje avdelningen för inspektions- och personfrågor och den fjärde avdelningen för ekonomiska frågor. Efter denna förändring förblev generalguvernörskansliets organisation mer eller mindre oförändrad fram till dess upplösning.
Generalguvernörskansliets arkiv bevaras i Riksarkivets enhet på Fredsgatan. Arkivet omfattar perioden 1808–1918. Materialet innehåller bl.a. diarier och olika förteckningar, brevkoncept, ankomna kejserliga reskript och befallningar, räkenskaper samt akter över behandlade ärenden.
I arkivet finns även ett antal tematiskt ordnade serier. Hit hör till exempel generalguvernörens föredragningsnoter för kejsaren för åren 1823–1861, och en mängd beslagtagna handlingar från början av 1900-talet. Arkivhandlingarna har i huvudsak utarbetats på ryska. Vissa kartor och ritningar från generalguvernörskansliets arkiv har avskiljts till en egen helhet (Kenraalikuvernöörinkanslian kartat ja piirustukset).
I generalguvernörskansliets arkiv ingår även en del mindre arkiv, som t.ex. arkivet för byggnadskommissionen för Uspenskijkyrkan från 1860-talet samt arkivet för den under generalguvernörens uppsikt utgivna ryska tidningen "Finljandskaja Gazeta".
Man kan bekanta sig med generalguvernörskansliets arkiv via arkivförteckningen 305 eller via Astia webtjänsten.
Generalguvernörskansliets arkiv är en viktig källa för forskning kring Finlands administration under autonomins tid. Kansliet bildade tillsammans med senaten och statssekretariatet storfurstendömet Finlands tre högsta ämbetsverk. Generalguvernörskansliet, underlydande den högsta verkställande myndigheten, utgjorde en viktig förbindelse mellan de finska och de ryska myndigheterna. Med hjälp av generalguvernörskansliets handlingar kan man få en djupare uppfattning om finska ärenden, som avgjordes av kejsaren. I behandlingsskedet av dessa ärenden uppkom handlingar såväl vid generalguvernörskansliet, statssekretariatet som vid senatens olika expeditioner. Olika ämbetsverks akter rörande samma ärende är dock inte identiska utan kompletterar varandra.
I generalguvernörskansliet tillämpades rysk praxis i registrering och arkivering av handlingar samt i utformning av register och förteckningar. De viktigaste hjälpmedlen för att hitta handlingar är aktförteckningarna och olika register. Diarierna är inte lika viktiga som i andra arkiv från autonomins tid.
De viktigaste handlingarna i arkivet är akterna. Alla handlingar rörande ett visst ärende uppsamlades i en akt. Akterna innehåller t.ex. ankomna brev, memorial samt brevkoncept, och akten kan även innehålla handlingar från flera år. På aktens pärm antecknades vanligen ärendets begynnelse- och avslutningsdag samt en kort beskrivning av ärendet. Akterna arkiverades enligt begynnelseår.
Största delen av akterna i arkivet ingår i serien Allmänna akter (Fa Yleiset aktit) eller från och med år 1901 i serien Avdelningarnas akter (Fb Osastojen aktit). Serien Ankomna brev- och supplikhandlingar (Eb Saapuneet kirje- ja anomusasiakirjat) innehåller handlingar från åren 1808—1810, då handlingarna inte ännu sammanställdes i akter. Serien Akter för handledning vid ärendens behandling (Fd Ohjeaktit) bildar en egen helhet. Dessa har bildats så att vissa handlingar rörande samma ärende har separerats från det ursprungliga sammanhanget och ihopsamlats till en akt. Dessa akter kan innehålla handlingar från en vidsträckt period. De har en egen förteckning i serien Övriga förteckningar över akter och handlingar (Bc Muut akti- ja asiakirjaluettelot). Sådana akter finns endast från 1800-talet.
Aktförteckningarna är de viktigaste hjälpmedlen i sökning av akter i generalguvernörskansliets arkiv. Gemensamma aktförteckningar för hela kansliet utarbetades årsvis fram till år 1900. Akterna antecknades i förteckningarna i nummerordning med rubrik och begynnelse- och avslutningsdag. Akterna arkiverades enligt begynnelseår, även om behandlingen tog flera år. Det är antecknat i förteckningen, ifall en handling är bifogad till en tidigare akt.
Aktförteckningarna förseddes med alfabetiska register, som hänvisar till aktens nummer. Dessa saknas dock för åren 1830–1834. De alfabetiska aktförteckningarna ingår för åren 1835–1885 i de egentliga aktförteckningarna. Förteckningar och alfabetiska register över allmänna akter ingår i serien Allmänna aktförteckningar (Bb Yleiset aktiluettelot).
Förutom aktförteckningarna kan man ha nytta av serien Diarier över ankomna brev (Aa Saapuneiden kirjeiden diaarit), som täcker kansliets hela verksamhetstid. I generalguvernörskansliet är brev- och supplikmålen i samma diarier till skillnad från till exempel senatens diarier. Breven numrerades årsvis i kronologisk ordning. I diarierna finns antecknat de åtgärder som handlingens ankomst medförde samt eventuellt dess brevkonceptnummer. Mellan 1842 och 1899 antecknades även aktens nummer i diarierna över ankomna brev. Numret finns på höger sida i anmärkningskolumnen. Diarierna för åren 1858–1900 har ett alfabetiskt register, som hänvisar till brevets nummer.
Förutom aktförteckningarna och diarierna över ankomna brev kan man även dra nytta av serierna Diarier över avsända brev (Ae Lähetettyjen kirjeiden diaarit) samt Diarier över kansliets avsända brev (Af Kanslian lähetettyjen kirjeiden diaarit). Av dessa är serien Ae viktigare. Diarierna över avsända brev innehåller åren 1858—1900 information om det motsvarande ankomna brevets nummer, med vilket man ifrån diarierna över ankomna brev hittar aktens nummer.
Generalguvernörskansliets akter är ordnade enligt avdelning och sektion från och med år 1901 i serien Avdelningarnas akter (Fb Osastojen aktit). Den rätta akten hittas med hjälp av serien Avdelningarnas aktförteckningar och diarier (Bd Osastojen aktiluettelot ja diaarit). Serien innehåller avdelningarnas och sektionernas aktförteckningar, alfabetiska aktförteckningar, diarier över ankomna brev, diarier över avsända brev, kontrollböcker och journaler. Journalerna är en rysk diarietyp, som är uppbyggd så att den börjar med en aktförteckning och därefter är varje akts korrespondens diarieförd på ett eget uppslag.
Förteckningarna över ankomna och avsända brev berör i huvudsak hemliga dokument. De viktigaste hjälpmedlen för att söka dessa är avdelningarnas och sektionernas aktförteckningar och alfabetiska aktförteckningar. Det är bra att ge akt på kansliets organisation och avdelningarnas uppgifter under en viss period då man söker i förteckningarna. Nedan följer en genomgång av kansliets organisation på 1900-talet:
| Avdelningar | Sektioner | År |
|---|---|---|
| 2 | – | 1901–1902 |
| 2 | 6 | 1903–1909 |
| 4 | – | 1910–1918 |
Om man inte känner till vilken avdelning som behandlade det ärende som man vill forska i, kan man få hjälp utav serien Diarier över ankomna brev (Aa Saapuneiden kirjeiden diaarit) för åren 1901–1918. I dessa är utmärkt brevets nummer, numret för den avdelning eller sektion som behandlade ärendet samt vanligtvis aktens nummer. Om aktnumret inte är utmärkt, måste man söka i avdelningarnas och sektionernas diarier över ankomna brev eller i aktförteckningarna. Diarierna över ankomna brev har ett alfabetiskt register för åren 1901–1918 i serien Alfabetiska register över ankomna brev (Ba Saapuneiden kirjeiden aakkoselliset luettelot).
Man kan även använda sig av diarierna över avsända brev då man söker en akt. I dessa infördes under perioden 1901–1918 både det motsvarande diarienumret för ankomna brev och själva aktens nummer. Diarierna ingår i serien Diarier över avsända brev (Ae Lähetettyjen kirjeiden diaarit).
I Riksarkivet har generalguvernörskansliets aktförteckningaröversatts till finska. De översatta förteckningarna är förteckningar över allmänna akter, avdelningarnas akter, akter för handledning vid ärendens behandling samt sekreta akter. Varje förteckning innehåller förutom aktens signum, även en kort beskrivning av aktens innehåll. Akternas alfabetiska förteckningar har inte översatts. De översatta aktförteckningarna finns tillgängliga i arkivförteckningarna 307–324 på Riksarkivets enhet på Fredsgatan.
De översatta förteckningarna över allmänna akter och avdelningarnas akter fram till 1911 finns tillgängliga via Astia webtjänsten. De allmänna akternas förteckning innehåller förutom aktens nummer även aktens gamla signum. Man måste därför söka fram det nya signumet i arkivförteckning 305 eller i Astia. I de översatta aktförteckningarna i Riksarkivet anges det aktuella signumet. I de digitaliserade förteckningarna anges det aktuella signumet från och med år 1901.
De översatta aktförteckningarna kan nås via Astia webtjänsten med sökordet "suomenkieliset aktiluettelot".