Autonomian ajan sotaväen ja kutsuntalaitoksen arkistoista käytetään yhteisnimeä militaria. Tähän arkistokokonaisuuteen sisältyy joukko-osastojen asiakirjojen ohella niiden esikuntien ja komentovirastojen eli Inspehtorihallituksen, Sotakommissariaatin sekä asevelvollisten joukkojen Päällikköhallituksen asiakirjat. Haminan Kadettikoulun ja kutsuntalaitoksen asiakirjat sisältyvät myös kokonaisuuteen.
Autonomian ajan sotilasasiakirjat käsittävät erilaisia joukko-osastojen asiakirjoja, esimerkiksi katselmusluetteloita, ansioluetteloita, diaareja, joukkoihin liittyviä erilaisia asiakirjavihkoja, kutsuntapöytäkirjoja sekä muita hallinnollisia asiakirjoja. Sotilasasiakirjat on laadittu venäjäksi ja ruotsiksi. 1800-luvun lopulla myös suomi esiintyy asiakirjakielenä. Joukko-osastojen erilaiset luettelot on yleensä laadittu ruotsiksi. Suomessa toimineiden venäläisten joukkojen asiakirjoja on koottu omaksi kokoelmakseen.
Sotilasasiakirjat soveltuvat Suomen sotalaitoksen historian tutkimiseen. Suomalaiset joukot eivät ottaneet juurikaan osaa varsinaisiin sotatoimiin. Joukkojen ja niiden esikuntien arkistoista saa tietoa Krimin sodan aikaisista kahakoista ja Suomen kaartin osallistumisesta Turkin sotaan vuonna 1878. Sotilasasiakirjoja käytetäänkin eniten sukututkimuksessa. Yleisemmällä tasolla sotilasasiakirjoja voi hyödyntää autonomian ajan yhteiskunnan tutkimisessa.
Autonomian ajan joukko-osastojen sotilasasiakirjoja säilytetään Kansallisarkiston Helsingin toimipaikassa. Sen sijaan Suomen sotakomissariaatin ja Päällikköhallituksen arkistot sekä Kaartin nuottikokoelma ovat etäsäilytyksessä. Asiakirjat on järjestetty kronologisesti ja organisaation mukaisesti.
Joukko-osastojen aineistot on luetteloitu Astia-arkistorekisteriin luovutuserittäin sarjatunnuksella M (numerot 1-295). Sisällysluettelo M-sarjaan löytyy täältä. Manuaaliset arkistoluettelot ovat käytettävissä Rauhankadun asiakaspalvelussa. Tietyn joukon asiakirjoja voi hakea arkistorekisterin sanahaulla, esimerkiksi hakusanalla ”Suomen kaarti”, jotta myös muut kuin M-sarjaan kuuluvat aineistot tulevat haun piiriin. Sanahaussa on hyvä käyttää katkaisumerkkiä (Aarteessa tähti eli *). Aineistoja voi hakea myös sarjatunnuksella, mikäli se on tiedossa esimerkiksi tutkimuskirjallisuuden lähdeviitteiden perusteella. Haun tekemisen jälkeinen hakutulossivu listaa löytyneet arkistonmuodostajat. Niistä valitaan etsitty arkistonmuodostaja. Avautuvalta sivulta pääsee tarkastelemaan arkistoluetteloita valitsemalla linkin Luettelot. Seuraavalle sivulle on listattu arkistonmuodostajaan liittyvät arkistoluettelot.
Osa asiakirjoista on käyttörajoitettua niiden huonon kunnon vuoksi. Muuten autonomian ajan sotilasasiakirjat ovat tutkijoiden käytettävissä Rauhankadun tutkijasalissa.